Bakhuisen nasceu em Emden, East Frisia, e veio para Amsterdã por volta de 1650, trabalhando no comércio e como calígrafo. Seu pendor para a pintura foi tão forte que ele abandonou os empregos que tinha, e dedicou-se inteiramentee à Arte no fim da década de 1650, inicialmente em desenhos com caneta. Seu primeiro professor foi Allart van Everdingen e, posteriormente, Hendrik Dubbels, dois eminentes mestres da época, e logo se tornou célebre por suas marinhas, que abordavam principalmente mares revoltos.

Ativo apreciador da natureza, frequentemente se expunha em um barco aberto, a fim de estudar os efeitos das tempestades. Suas composições, que são numerosas, são quase todas variações sobre um mesmo tema -  o mar -  em um estilo pessoal, marcado por intenso realismo ou uma fiel imitação da natureza. Em seus últimos anos Bakhuizen empregou suas habilidades em gravuras a água-forte; tendo pintado, também, alguns exemplos de vários outros tipos de pintura, tais como retratos, paisagens e pinturas de gênero.

Durante sua vida Bakhuizen foi visitado por "Cosimo de Medici III", por  "Pedro, o Grande" e também trabalhou para vários príncipes alemães.  Em 1699 ele abriu uma galeria no piso superior da famosa "Amsterdam townhall". Depois de uma visita à Inglaterra, morreu em Amsterdã em 17 de novembro de 1708.